王道纯派遣中军沈廷谕、参将陶廷鑨率数千人偷袭阮城店。
大军压境战争一触即发，孔有德他们时刻准备着。朝廷的兵马偷袭不成反中埋伏溃不成军，史书称“皆败而走”。
主战派大吃一惊，这才知道山东新军是块硬骨头，意识到要想剿灭新军必须付出惨重代价，这是到处漏风的朝廷难以承受的。不少欺软怕硬的家伙立即改换门庭变成和平主义者，像余大成一样极力避免交战，力主以招抚的方式挽回损失。他们不曾想到他们的行为给朱明朝廷造成更大的损失。当然损失的是国家民族，他们自己的损失短时间内一点没有。
对峙双方已经大打出手，挑起战争一方军队突然遭自己人掣肘不准打，这显然是将前线军队的生命交与敌手，敌人若不趁机反击就是白痴。
王道纯的偷袭军队大败而归，但他成功的诱使孔有德等人认定朝廷剿灭他们的军事行动迫在眉睫，为求自保只能先下手为强（事实上他们是被动反击）。
脸皮已经撕破，退路已经断绝，新军再无顾忌，重新进行编制，大家推举孔有德为都元帅。孔有德以“九成父子材武，且有首事之勋”让贤，自居为副。
李九成正式扯旗造反建立军政府，自封都元帅，用缴获的登莱巡抚印号令天下。孔有德为副帅，耿仲明为都督，山东新军上下一心反抗朱明暴政。
大战爆发朱明朝廷依旧精神分裂，在剿抚之间摇摆不定。前线明军正值新败，受此影响士无战心将无战意一片松懈。李九成趁机分兵数路攻掠州县，自己更是亲率大军，亲冒箭矢攻克黄县。
新军主动出击震惊朱明朝野，他们方才意识到掌握国家机器的他们拥有逼反军民的权力，反抗的战火一旦点燃，他们就没有权力决定什么时候结束？以什么方式结束？
为挽救危局，明廷任命徐从治为山东巡抚，谢琏为登莱巡抚。按照分工，谢琏在莱州城指挥作战，徐从治坐镇青州负责增援、后勤，不曾想徐从治为安抚民心也进驻莱州。
莱州城所处的地势并不十分险要，但是莱州城是在万历二十六年重建的新城，孔元化还参照了西洋筑城法进行加固。
莱州县志上说城墙“周九里，高三丈五尺，基厚两丈四，门四座。东曰澄清，南曰景阳，西曰武定，北曰定海，城下为池，深两丈，宽四丈。”
作为辽东的另一个后勤基地，城中的粮草、兵器应有尽有，美中不足的是重型火器较少，大多是国产的轻型火炮，而且懂得操作火炮的士兵不多。后来随着徐谢二人赶来的兵马补足这一缺陷。
莱州城在朱万年的严密部署下，井然有序戒备森严，徐谢等人正是有见与此方敢来此坐镇。
莱洲知府朱万成从来不认为自己是压垮新军忍苦负屈骆驼的最后一根稻草，是导致吴桥兵变的罪魁祸首之一，反而认为自己明见万里，是早就看出孔有德长有反骨的干城良臣。
李九成首战告捷意气风发，亲率大军将莱州围的水泄不通。他这一招将徐从治、谢琏两位巡抚，莱州知府朱万年，还有从通州来援的总兵杨御蕃全部包围住。明廷前线的高级官员被一网打尽，各路援军顿时陷入群龙无首的尴尬局面。祖大寿被困大凌河是因为满洲骑兵来的太快他逃之不及，这些人平白无故自陷绝地十打十的愚蠢冲动。
为攻克莱州，李九成调来几乎所有的红夷大炮，从四面向莱州城轰击。新军炮兵都接受过葡萄牙军官的训练，炮打的特别精准，轰击城墙垛口这样的静止目标如同打靶一般轻松。只是慑于城中炮台的反击火力，红夷大炮不能靠太近，威力大减迟迟不能击垮城墙。
孔有德对这种没有技术含量的攻城战一点兴趣都没有。开弓没有回头箭，既然已经造反，那么就将造反规模尽可能扩大，吸引尽可能多的明庭官兵到来宰了，给孙元化大哥报仇雪恨，给师兄高迎详、师姐刑红娘他们减轻压力。登州毗邻大海，港口舟船无数，打得赢就打，打不赢乘舟离开，怕个球。张无忌祖师爷说过修道者禁止用神力杀戮普通人，既然我不能出手杀人，那我就去找人，找尽可能多的人反朝廷杀官兵。招集旧部的地方首推东江镇。
孔有德驾船来到皮岛，惊讶的发现这里已经打成一片。
兵部户部截留军饷，黄龙搜刮地皮，国际贸易被彻底废止，皮岛境况更加恶劣，每天都有百十人饿死，反抗的压力不断集聚。孔有德他们反击朝廷的偷袭，将之轻松击溃，有力的证明自己造反的坚决和力量。受此鼓舞，与孔有德交好的东江镇旅顺副将陈有时和广鹿岛副将毛承禄（毛文龙从子）起兵响应登州新军革命。哪里有压迫哪里就有反抗，皮岛军民影从云集，队伍很快发展到七八千人，割据半个东江。