孔有德从军事角度判断出新军的处境非但没有好转反而更加恶劣：“自己不据山河据平地，朝廷大军日可袭。”孙元化晓以利害明以大义正和他心意：“古往今来的造反志士不计其数，事业有成者屈指可数，能够不反朝廷还是不反的好。”
大伙很快形成统一意见，请来文房四宝。孔有德研墨，耿仲明铺纸，孙元化动笔向朝廷讲述新军遭遇，请求皇上慈悲为怀给失足人一个回头是岸的机会。
其时高迎祥率领的流寇越来越多渐成燎原之势，朝廷好不容易将他们困在车箱峡准备一举歼灭，哪里想到距京师几百里的地方突然闹兵变，规模过万。崇祯皇上十分震惊，不得不将大批军队调到山东准备镇压，如此一来围堵车箱峡的兵力大为不足，物资更是匮乏，他们也耗不了多久。高迎祥、李自成趁机以诈降之法出了峡谷立即又反。
煮熟的鸭子都飞走，崇祯皇帝气得险些脑溢血，现在他忙于调兵遣将追剿农民军无暇顾及他处。在崇祯眼中农民军是死敌，务必剿灭，孔有德这种闹饷的事情每天都在发生，根本不是什么大事，略加恫吓就会平息。真如他所料，镇压的军队还没有走到山东，乱兵们就将乞降书送到北京城，声称只要朝廷对他们既往不咎他们就投降。崇祯帝本着事急从权的原则，命令孙元化带罪招抚。为给叛军增加压力，警告其不要存有幻想，迫其早点投降，崇祯帝调动军队的速度一点没有减缓。他心中打定主意，招抚成功之后立即把这支叛军派到山海关同满洲拼个你死我活，将解放出来的其它军队派去围剿流寇。
事情发展到这里吴桥兵变眼看就要画上一个句号，可惜猪明王朝罪孽深重，真正的暴乱尚未开始。
巡按王道纯最是瞧不起军汉，最痛恨讨饷的桀骜。在他眼中军人们就应该忍饥挨饿保护他们这些脑满肠肥的朝廷官员，饿死都要认为义之所为，来生继续奉献，不能有一丝一毫的不满，凡是敢于反抗的都要杀死。孔有德一伙灭杀豪门，抢劫百姓，袭击同袍，攻占城池，威勒朝廷，条条皆是十恶不赦的死罪，若是无罪开释必使其它军汉争先效仿，从此国将不国。为惩前毖后震慑不轨，皇上的圣旨我扣下不发，并且到京师散布谣言，说孙元化已经投敌叛变，投降书乃缓兵之计。
要用缓兵之计必有援兵到来，孔有德他们哪来的援兵？若是麻痹朝廷突袭其它城池，孔有德他们为何按兵不动？若是拖延时间以备战，纯属多此一举。
王道纯的计策破绽百出不值一提，奈何朝中奸臣争权夺利不择手段，立即以此为据党同伐异，一口咬定孙元化已经造反，哄骗住大量无知朝臣随声附和，朝中顿时吵成一团。
孔有德等人长时间得不到朝廷赦免的圣旨，又见平叛大军越来越多，莱州知府朱万年更是加紧备战。他将海防和城外兵调入城中，城外各村镇的粮食大量运往城内，还在城中加强治安约束，逐户清查，发动百姓清街设岗加固城防。旬日间又有几路大军先后赶到，这一切都表明朝廷在为武力镇压作准备。
以寡敌众必须先发制人出奇制胜，孔有德他们决定这么干。孙元化岂能允许他们攻击朝廷大军，反复劝说下他们答应军事行动缓上一缓。孙元化认定有奸佞小人从中作梗，不然是抚是战朝廷都有消息传来，决定亲自回京向皇上禀告实情。孔有德他们对孙元化从来没有囚禁之心，非常高兴的派张焘带兵送孙元化、王徽、宋光兰等人前往京城，他们双方做梦都没有想到这是他们兄弟最后一次见面。
孔有德一向料事如神，这一次却出现大错。他通过理性考虑得出孙元化是化解山东兵变的最关键人物，崇祯对孙元化小惩一番再启用最符合朝廷利益。可惜腐败透顶的朱明朝廷都是些利令智昏的败类，他们根本就在乎朝廷利益。
王道纯得知孙元化被叛军放回，他截留圣旨的大罪行马上就要被拆穿，他立即采取补救策略：首先将孙元化一行人等全部拿下交给锦衣卫施以严刑，意图屈打成招。孙元化在镇抚司狱中遭受酷刑“手受刑五次，加掠二百馀。”然后主动偷袭新军挑起战火。
吴桥兵变本是军民冲突的小事，中央根本不知道，当新军稀里糊涂席卷半个山东后，中央想不知道都难。朝廷官员立即分成三派：一派以首辅周延儒，徐光启为首的鸽派，认为登州之乱可以和平解决。徐光启更是愿以全家性命作保，力证孙元化没有投敌。
第二派是孙元化政敌组成的鹰派，他们多次截留山东军饷，被孙元化上书指名大骂。有此报复的机会岂能放过，他们力指孙元化投敌，应以大军压境全歼叛军。
广东道御史宋贤上疏崇祯帝，公开抨击：“登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞于江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。”
广西道试御史萧奕辅指责孙元化放任孔有德，又说张焘“卸罪于波涛，借词于风汛”。
他们明着指责孙元化，潜攻东林出身之大学士周延儒，要求废止东江、登州两镇。