敌人退去，崇祯皇上开始追究责任。
袁崇焕杀害毛文龙大帅引发一切，罪责第一当之无愧。
东林党主席钱龙锡参与谋害毛帅，罪责第二毋庸置疑。
兵部尚书王在晋刚刚上任适逢其会，罪责第三纯属倒霉。
此三人罪证确切做不容抵赖。其余大小官员担心自己受到殃及，纷纷推卸责任落井下石，对袁崇焕等人的罪行进行深挖，真真假假罗列不计其数（实事求是进行审判袁崇焕也是死罪）。经过几个月收集证据反复审理，会审时形成定案：
谕以袁崇焕付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。命刑部会官磔示（3600刀凌迟），依律家属十六以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴。今止流其妻妾，子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”
谕：『旧辅钱龙锡背公逞私，密谋主款；袁崇焕疏语已露，终不奏闻。并不重罚，何以惩后！命法司拟罪』。逮至，论死。”
袁崇焕受刑时京师震动，认为他通敌的北京百姓摩肩接踵前来观刑。袁崇焕在行刑前念出自己的遗言：“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。（这首诗献给毛文龙大元帅更合适。）”
数十万京人死在满洲手里，人人对袁崇焕恨之入骨，刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊。
到了夜里，袁崇焕的头颅在刑场，他的佘姓部下趁夜盗取头颅，埋在现在东花市斜街52号院内，还交代子孙不必再回岭南原籍，世世代代在这里守墓。
钱龙锡的罪名确凿无疑，袁崇焕罪名一大堆，不少模棱两可对错难辨，后人深有歧义。仁者见仁，智者见智，袁崇焕是否罪有应得争论不休，乾隆皇帝都参与进来，极力为袁崇焕翻案，宣称袁崇焕是忠臣，没有谋款（通敌议和）。他公开声称：袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。”
至此，袁崇焕彻底翻案，袁崇焕所有指控都有了新的说辞：
“托付不效”变成了“但尚能忠于所事”；
“谋款不战”变成了“会我大清设间……帝信之不疑”；
“纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散”变成了“千里赴救，自谓有功无罪”；
“谋款则斩帅”变成了“魏忠贤遗党……为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪”。
整个案情惊天逆转，袁崇焕由卖国误国的罪臣变成蒙冤的忠良。
袁崇焕确实蒙了不少冤，但矫召斩帅一事袁崇焕自己公开上书皇帝承认是他干的。满洲殖民头子乾隆帝居然替他狡辩，当真是非不分胡说八道。
乾隆帝称袁崇焕“尚能忠于所事”。他忠于什么事？矫召斩帅是忠于所事？搞乱皮岛是忠于所事？中原百万同胞饿死，皮岛饿死军士无数，他将军粮卖于蒙古是忠于所事？坐视满洲殖民军逼降朝鲜是忠于所事？大肆要饷要粮迫使朝廷加派辽饷逼反百姓是忠于所事？袁崇焕复起后除了拿朝廷的钱打造私军和北京城外大战之外他什么好事都没有干。
殖民头子乾隆帝那句：“魏忠贤遗党……为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪”。这一句话纯属放屁。魏忠贤垮台之时袁崇焕正在家“养病”，完全是崇祯帝和东林党所为，同离京师好几千里袁崇焕一点关系都没有。袁崇焕被杀是受钱龙锡连累，真不知道满清殖民头子乾隆帝是从哪儿考证出这层关系的？
袁崇焕身为前敌总司令，擅自杀害毛帅的罪行在法律层面上是死罪。作出错误的军事布署，导致敌国绕道入关，明朝遭到重创，数百万人被杀。这么大的战败罪责，那个朝代都要被问责处死。
钱龙锡，袁崇焕，勾结害死毛帅，绝对的同案犯，甚至算得上是主谋，公正审判就算不凌迟也得斩立决。
就算是阉党遗党报仇也是：“魏忠贤遗党深恨东林党魁钱龙锡，见袁罪重，揭发二人罪行，致袁钱同日殒命。”