道佛论道论战结束，天下统一进程也随之加快。
面对天下反元滚滚大势，蒙元高层贵族纷纷向皇帝建议退守漠北草原，蒙元皇帝犹豫不决。不少实力强大的的部落统领，已着令所辖部落收拾细软做撤退准备。
蒙元高层贵族的此举，让本就日薄西山的蒙元朝廷更加混乱。短短月余时间，北方各地蒙元贵族，为北退大漠草原，在各自辖地进行疯狂的物料掠奇。
蒙元贵族此举，激起北地百姓强烈反抗，纷纷期盼南方义军北伐蒙元。
朱元璋得到道门全力支持，获知北方蒙元的状况，立刻发出讨元檄文，提出振奋人心的口号【驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民】。
一时间神州大地各路能人异人纷纷来投，短短三个月朱元璋势力大涨，于是他派遣手下大将常遇春领兵十万北伐蒙元。
朱元璋近半兵力北上伐元后，陈友谅背弃【蒙元未灭，义军互不相伐】的盟约，率领麾下水师四五百艘战船顺长江而下，进攻朱元璋腹地应天府。
朱元璋立时陷入两面作战的境地，形势十分危急，只能令北伐的常遇春回师救援。
陈友谅选择在朱元璋大军外征之际，偷袭应天府，是筹划布局良久。
陈友谅水军来势汹汹，朱元璋所辖长江两岸无一处能挡，被陈友谅长驱直入进入了建康城上游五十里处。
陈友谅来势之疾出乎朱元璋预料，此刻常遇春大军还在回援半道中，四周调遣之兵还未赶到，眼看建康城就要被陈友谅攻破。
关键时刻，张无忌率领五行旗赶到建康城，五行旗分属金木水火土五行，每旗旗众都擅长对应本领。而其中洪水旗教众，全都是水性顶尖的好手，长江黄河波涛汹涌的水面，他们视若等闲。
五百名洪水旗教众潜水，潜行至陈友谅大军船只停泊的港口，将最外几艘船底凿穿，让其沉没阻住港口航道。
此举大大延缓了陈友谅行军的速度，等陈友谅打捞清理好沉船航道，朱元璋从各地调集的兵马已基本就绪。
陈友谅见无利可图，在建康城外的长江上耀武扬威一番，就返回了老巢江州。
而朱元璋组织的第一次北伐，因被陈友谅偷袭自家腹地此就搁置。在蒙元未亡的情况下，吴王、汉王两方开始了争霸之战。
张无忌率领五行旗来到建康城，标志着明教高层已达成共识，接受朱元璋代表明教，完成统一天下的大业。
少林派的覆灭，也意味着陈友谅失去中原佛门的支持，加上丐帮的倒戈，致使陈友谅在与朱元璋争斗中全而落入下风。
不到三年时间，陈友谅麾下各路英才或被拱卫司收买招揽，若被莫明死亡，导致他无才可用。在鄱阳湖水战中，陈友谅只能亲上前线指挥作战，被锐金旗高手用弓弩射杀。
陈友谅死后，麾下众将或降或逃。不到半年时间，陈友谅建立的“大汉”国就烟消云散，朱元璋就此统一南方。
张无忌在朱元璋统一南方后，与其进行过一次单独交谈。没有人知道两人交谈内容，但之后不久朱元璋嫡长子朱标成为了明教圣子，成了下任教主继承人。
自此有意权势的明教高层就此还在建康城，聚拢在朱标身边，而张无忌就此消失，从此再未在世俗中现身。
张无忌消失两年后，朱元璋称帝建国。朱元璋出身明教，目创业前中期得明教帮助最多，且麾下有众多出身明教之人，他综合考虑将国号定为“大明”，定都金陵城，年号洪武，立马氏为皇后，朱标为太子。
致此，明教一甲子岁月的反元大业，在朱元璋手中完成。