王机既然跑了，王敦一时也没有太好的的办法，果然不久，传来消息王机便取代了广州刺史，自己上任了。
这把王敦气得七窍生烟，恨不得立刻讨伐。王导一见弟弟气恼不堪，因笑道：“不要焦虑，此事可以迂回处理，不如空加其功，转任他去交州任职，再徐徐图之。”
于是王导上奏司马睿，道：“交州梁硕骄横跋扈，难于管理，不如让王机去任交州刺史，必两虎相争，我们再随后图之。”
司马睿立刻准许，任命王机为交州刺史，空表其功，即刻上任。王机也知道窃据广州，王敦早晚对付自己，不如顺水推舟去交州也不错。于是欣然上任。
正如王导所料，交州梁硕盘踞多年，势力雄厚，独霸一方，素来不听司马睿调遣，地头蛇一枚，听说王机要来，心想来抢地盘了？传令州府衙县，谁也不准接待。又广布谣言，说王机把广州祸害的够呛，千万不可再让他来祸害交州了。于是交州上下一心，拒不接受王机，王机一看，这回可坏事儿了，广州已经让了出去，交州又不让进，这不是中计了吗？
于是又召集旧部，起兵反叛，先入交州，一顿乱杀，斩了交州梁硕，又觉得杀害朝廷命官，罪莫大焉，索性反了吧，谋划还是广州好，决定再回去占据广州。
不过他前脚刚走，后脚王敦鸣将陶侃入主广州，陶侃本为渡江跟随司马睿而来的，他到达广州始兴时，州里的引导之人，都说应当观察形势，看看情况再说，不能轻率前进。
陶侃哪能不知此地凶险，广州将领都在等待王机归来，于是假装若无其事，继续进发。
直接到达广州治所时，广州当地官员杜弘早已经和王机通信，准备迎接王机回来，于是派使者假装迎合陶侃，陶侃也不废话，犀利咔嚓将使者斩了，随后跟进，一言不发，将他也杀了，又将王机余党悉数捕获，一律斩首。
肃清内部，陶侃坐镇广州，尽用北方士卒，派督护许高率兵，攻打讨伐王机，王机终是不敌许高，兵败逃跑，又急又怕，一口气没上来，在路上咽了气，他的部下将其草草安葬，一哄而散，许高随后赶到，挖出他的尸体砍下美丽的首级示众，并杀死了他的两个儿子，以绝后患。广州这才平定。
这时江东另一股流民也正在围剿当中，首领名叫王如，王敦断其粮草，困住其兵，又不停招降他的部将，瓦解军心。
王如一见军中饥乏，王敦又强攻不断，手下每天都有人跑去投降，也真是黔驴技穷，于是硬着头皮投降了王敦。
王敦的堂弟王棱素来耿直果敢，他看出王敦有自己的谋算，未必能一直对晋朝忠心不二，于是总是旁敲侧击，提醒堂兄。
王敦假意听不出来，总是笑语盈盈，好言安慰。
偏巧王棱一见王如来降，又勇猛威武，就对了眼儿，喜欢的不行，请王敦把他安排在自己的军中。