在第三回圣杯之战后，御三家——爱因兹贝伦、远坂、马奇里家族皆元气大伤，大圣杯系统落入了纳粹之手，随后又被其他乡间术士转移到了他处。冬木市的圣杯争夺战就此落幕。圣杯战争的消息公开后，各地开始涌现类似的“分支”战争，召唤英灵成了寻常之事，但这些分支圣杯只能召唤有限的英灵，且无法触及根源。
冬木市的圣杯被迁移到了罗马尼亚乡间，当地一群术士向时钟塔宣战，意图建立新的魔法协会。他们借助圣杯系统召唤了七位从者，时钟塔则动用了大圣杯的“紧急应对机制”，召来了对立阵营的七位从者。而圣杯自身也唤出了一位特殊职阶的从者——裁决者（Ruler）。故事的核心便围绕着红黑两方从者与御主间的斗争，以及与管理者间的冲突展开。
远坂时臣和爱丽丝菲尔看到这一切，心中五味杂陈。爱丽丝菲尔尚能保持温婉，但远坂时臣却无法忍受，家族被摧毁，圣杯失窃，这世界上的御三家真是无能至极！
“可恶的家伙，竟敢盗走大圣杯，真是可恶！”远坂时臣怒视着眼前的画面，特别是那位大公的主人，弗拉德三世能感受到远坂时臣恨不得杀了他的主人。
弗拉德三世对此并不生气，因为他也想摆脱那个虚伪的主人！
介绍完背景，故事进入正题，第一章，艾尔梅洛伊二世和他的弟子弗拉特的对话。
艾尔梅洛伊二世登场，肯尼斯和韦伯一时愣住，此人面熟，似乎也在圣杯战争中出现过，还曾是伊斯坎达尔的主人。
“那个，林轩，这人不会就是我吧。”韦伯难以置信地问道，不懂就问，韦伯做得不错。林轩闻言，毫无保留地回答。
“没错，这个一脸劳累的肾虚男子就是平行世界的未来你，君主，艾尔梅洛伊二世。”
“什么！”韦伯惊呼。
“怎么可能！”肯尼斯惊讶。
“为什么我看起来这么憔悴！我做错了什么吗？”韦伯有些紧张，谁知道自己从少年变成了大叔都会难以接受。
“还有，什么叫君主艾尔梅洛伊二世，我这个一世呢？”肯尼斯坐不住了，看着两人紧张的样子，林轩微微一笑，果然，看他们不敢相信的模样最有趣。
林轩真是个有恶趣味的人，或许这家伙内心深处藏着不为人知的一面呢。
“哦，那个世界也举办了多次圣杯战争，剧情类似fate和zero，然后你死了，韦伯认为是他偷走你的遗物导致你的死亡，所以他接过了衰败的艾尔梅洛伊家族。”林轩解释得很清楚，尽管语气平静，但肯尼斯明白了其中的含义。
“如果是这样，看来韦伯，回到时钟塔后你就做我的亲传弟子吧。”肯尼斯想了想说，他所说的弟子与现在的师生关系不同。韦伯闻言，思考片刻，兴奋地点点头。
无论肯主任和韦伯的关系如何，此时，FA动画已播放到第一集结束，各路aster开始召唤英灵，其中最引人注目的是狮子劫界离召唤出的身影。