同样的师承，两人之间选择了截然相反的道路。大蛇丸成为了第一部中的大boss，将当时号称最强火影的老三代送走。自来也则成为了拯救木叶于危急之中的那一个强者，将纲手找回来接任五代目。
大蛇丸的战斗风格大蛇丸的设定是天才，从小就天赋异禀。
学习忍术和适应战斗的能力非常强，三代很喜欢年少的大蛇丸，一度将他作为接班人来培养。在见识过了忍者大战中生命凋零的残酷之后，大蛇丸选择了相信科学、相信永生。
优点秽土转生这个术是大蛇丸最大的倚仗。跟老三代的对战中，就是凭借这一手技能，活生生将他消耗致死。转生出来的人物虽然战力会打折扣，但是在战斗中不死不灭的能力还是有点逆天的。抛开秽土转生之外，大蛇丸对不死的研究非常深入。死过很多次，之后都被复活。
科研怪的生命就是这么坚挺。缺陷大蛇丸自身的战斗能力算不上非常强的。抛开通用类型的忍术和技能之外，大蛇丸最强的战斗忍术八岐大蛇之术。被鼬用十拳剑砍瓜切菜般纷纷将蛇头砍下。遇上鼬这个天克之人，大蛇丸是一点办法都没有。这种自身战斗实力的缺陷，导致在战斗中如若没有第一时间召唤出秽土转生者分散火力，战斗将会很难进行下去。
自来也的战斗风格相比起大蛇丸来，自来也从小就是个吊车尾。在经历过生死的战场洗礼之后，逐渐成长为独当一面的强者。敌人对他的评价都是一级棒。自来也的战斗基本上是偏向于实用类型，什么时候使用什么技能能够最大化的达到想要的效果。这种战斗风格的形成得益于他多年的战斗经验累积下的超强综合素质。雨忍村中只能自来也败给佩恩六道，剧情杀占比非常大。以当时自来也的战斗能力来说，还是有非常多的可能性的，作者偏偏要选择献祭流剧情给鸣人觉醒。
两者对比《者之书》中自来也和鼬两个人以71分的综合评分并列第一。大蛇丸和纲手两个是70分，综合评分这一块，被自来也压着一头。两个人之间的战斗体系是完全不同的。
大蛇丸偏向于使用外力为己所用，这种偏好跟他天才的设定有点关系，用借力打力来体现这种天赋。自来也则侧重于对自身战力的开发。就单论自身的战斗能力的话，自来也完全是压制大蛇丸的。可是实际中的战斗往往很复杂。三忍大乱斗之际，当时的大蛇丸双手是被废掉了的，硬生生在纲手和自来也两个人的围殴之中逃之夭夭。若是自来也和大蛇丸单挑，大蛇丸是全文有足够的时间和机会使用出秽土转生来作战的。
这种情况下对自来也是非常不妙的事情。不过自来也对封印类的忍术也算是颇有研究，打着打着说不定也就将转生者封印起来了呢。
写在最后大蛇丸和自来也之间的实力在伯仲之间。若是两者都奋力一战的话，个人感觉还是大蛇丸会更胜一筹，笑到最后。大蛇丸的狡猾是有目共睹的，憨厚的自来也着道翻车的概率非常大。此外，拥有不死之身的大蛇丸使用起自残的战斗招式起来也将毫无顾忌。
在火影忍者中，大蛇丸与自来也的实力，谁强谁弱一直没有定论。二人都是三忍，而且都拥有各自强大的绝招，虽然彼此之间有过交手，但都不是真正的巅峰对决。那么二人究竟谁强谁弱呢？
大蛇丸的战绩及实力大蛇丸大蛇丸被列为S级危险人物，属于前期的一个boSS。曾先后杀死过四代风影和三代火影，卡卡西在大蛇丸的面前也不敢放肆。而大蛇丸的攻击大都是秘术，甚至大蛇丸将自己改造为一条巨蛇，以达到不死和再生的目的。此外大蛇丸还学了禁术秽土转生，这让大蛇丸如虎添翼。
自来也战绩及实力自来也自来也和大蛇丸属于师兄弟，均拜三代火影为师。虽然自来也小时候是个实打实的吊车尾，但自来也的际遇很好，在偶然间施展逆向通灵，来到妙木山学会了仙人模式。主要的战绩有对战雨忍村首领半藏，得到三忍的称号、击败小楠、杀掉三个佩恩，最终死于其余佩恩之手。二人虽然均被称为三忍，但终极一战还是能够分出胜负的。虽然二人没有巅峰决战过，但从以下两点还是可以看出优劣的。
自来也对战尾兽化鸣人自来也鸣人曾跟随自来也修行，在这期间自来也有意让鸣人渐渐掌握九尾的力量。但在某一次修炼过程中，鸣人由于某种原因而尾兽化，在三条尾巴出现时，自来也还能够应付，但第四条尾巴的出现，让自来也重伤。自来也当时肯定也没有拿出绝招来应对，因为对手是鸣人，但还是能够看出来自来也在不拿出绝招的情况下是无法对付四条尾巴的鸣人。
大蛇丸对战尾兽化鸣人大蛇丸在天地桥一战中，鸣人被大蛇丸的话激怒，从而释放出九尾查克拉，从而尾兽化。同样，在四条尾巴之前，鸣人奈何不了大蛇丸。但露出四条尾巴的鸣人，实力还是让大蛇丸不敢小觑，但大蛇丸依旧能够对四条尾巴的鸣人做出反击，虽然最终败走，但大蛇丸却未受重伤，可见大蛇丸实力之强。
三忍攻防战，大蛇丸VS自来也和纲手自来也在大蛇丸杀死三代时，自己的双手也被三代用尸鬼封印夺走，从此大蛇丸不能够施展忍术，只能依靠秘术攻击。为了治好双手，大蛇丸求助纲手，最终却被纲手和自来也围攻，虽然当时的自来也被下了迷药，但大蛇丸能够以一敌二，最后还顺利逃走，可见大蛇丸还是很厉害的。
所以在大蛇丸没有拿回被封印的双手，而且不施展秽土转生的情况下，自来也靠仙人模式是可以打败大蛇丸的，但想要杀死大蛇丸则不可能。但既然是巅峰对决，大蛇丸拿回双手和使出秽土转生，那么自来也便不是大蛇丸的对手，你觉得呢？
抛开仙人模式，自来也也比大蛇丸强。导致这个结果的原因主要是他们在三忍成名后选择了不同的发展轨迹。自来也、纲手、大蛇丸在得到“三忍”称号之后，他们都是以提升能力为核心。直到那次忍界大战之后，他们三人都有一种功成名就的感觉，各自奔向不同的发展轨迹。
纲手因为在那次忍战中失去了情人、弟弟，开始一蹶不振，从小就喜欢赌的纲手重操旧业，稀里糊涂过了那么多年。也让她的实力在三忍里严重掉队。
大蛇丸经过大战洗礼之后，回归他一向热衷的科学事业，因为见过太多死亡，他开始思考如何不死，主要研究的就是长生不老的办法，在战力提升方面也是变慢很多。
自来也成为三忍之后，没忘了大蛤蟆的嘱托，四处云游找命运之子，有经历就有遭遇，有遭遇就会有战斗，战斗多了战斗经验也会攒的更加丰富，所以他比大蛇丸强根本不足为奇。自来也比大蛇丸也就是强在战斗，要是比命长谁也比不过大蛇丸，就像比胸肌肉谁也比不过纲手，各有优劣罢了。
在《火影忍者》中，虽然之后因为战力爆发造成影级神级忍者满天飞的情况，但最初的顶级忍者出现的并不多，木叶中只有三忍算是屈指可数的最强者，除了纲手是以医疗为主的忍者，其他两个男忍者大蛇丸和自来也应该是纯战斗型的人物，那么作为同样是三代弟子的两人，谁的实力才是最强？
天赋方面大蛇丸毫无疑问是最强之人
（1）大蛇丸在学生时代就已经是天赋异禀，远超自来也最初猿飞日斩带领三个弟子的时候，大蛇丸明显是天赋最强的那种人，没有血继限界的他却显露出不逊于任何先天具有忍术遗传因素的人的强大，大蛇丸根本就不需要依靠血继限界，他自己就能开发忍术。在他小时候，他就能快速掌握老师猿飞日斩刚刚研究出来的A级别忍术手里剑影分身，这个时候的自来也学一个c级忍术都还摸不到门路。
大蛇丸之后一直致力于忍术的发明和改造，没有对忍术超人一等的理解是完全不可能达到这个作用的。与大蛇丸相比，另一个学生自来也明显是天赋资质平庸太多，后期随着磨练，逐渐掌握了忍术的窍门，但初始阶段的差异还是说明两人不是一个水平线上的天赋。而且自来也是整个忍界中唯一拥有非遗传因素的家族继承优势，自来也家族所有世代都和妙木山签订了契约，这种优势甚至比千手一族还要大。学会包括通灵兽与仙人模式都比其他人拥有了先天的优势，但总体说来大蛇丸完全是靠个人的天赋，自来也算是沾了祖上的光，阴差阳错开了窍。
（2）后期大蛇丸一直在开发禁术，但自来也一直在分散精力在与忍术无关的事上大蛇丸是一个偏执型的人格，自来也是一个散漫型的人格。大蛇丸有两个执着的目标，一个就是要让自己的忍术变得最强，另一个就是追求生命的真正意义，在大蛇丸心中，生命的最终意义就是长生不死。
他把两个目标最终结合起来，于是将二代发明的秽土转生之术变成了自己最强的战斗忍术，同时也能让活着的自己不停的转生，既解决了自己的生命问题，同时也让自己在战斗中近乎拥有了不死之身。与一直在不停专研忍术和禁术的大蛇丸相比，自来也虽然也在不断提升实力，但他的副业明显显得过于臃肿，不但经常写小说，还经常体验风月场所，同时爱喝酒的他经常喝的大醉，这些都间接影响了他的实力提升速度。
不过火影里娱乐强度并不完全和训练效果成反比，后期忍者实力的提档更多跟机缘有关，而非日复一日的刻苦训练。但大蛇丸展示出来的忍术明显花式更繁多，也更难以防范，这和他的偏执的性格有着密切关系。